Σε ένα πενταγωνικό κτήριο που χρονολογείται από την περίοδο της Τουρκοκρατίας λειτουργεί το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου (Φορτέτζα). Ας αναφέρουμε ότι μέχρι το 1960 χρησιμοποιούταν για να στεγαστούν οι φυλακές της πόλης.
Ευρήματα διαφόρων περιοχών του Ρεθύμνου από τη νεολιθική έως και τη ρωμαϊκή εποχή φιλοξενούνται τοποθετημένα με χρονολογική σειρά στις προθήκες του μουσείου.