Ένα αξιόλογο παράδειγμα συντηρημένου και αναπαλαιωμένου χριστιανικού μνημείου αποτελεί το Εκκλησιαστικό Μουσείο Μονής Αγίας Ειρήνης, όπως άλλωστε μαρτυρεί και το βραβείο Europa Nostra με το οποίο τιμήθηκε το 1993. Το φρουριακής μορφής μοναστήρι όπου λειτουργεί το μουσείο είναι βυζαντινής εποχής και πιθανότατα πρόκειται για πρωτοαναγεννησιακή κατασκευή. Στο χώρο του μουσείο υπάρχουν προς το παρόν εκκλησιαστικά αντικείμενα καθώς και προσωπικά του Μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Θεόδωρου Τζεδάκη (1933-1996).